Deux publications parues en 2018 impliquent le gène pannier dans la différenciation des couleurs des élytres des coccinelles arlequin Harmonia axyridis :
- https://www.nature.com/articles/s41467-018-06116-1
Celle-ci dit que ce sont des répétitions dans un intron qui génèrent la variabilité.
- https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982218310686
Celle-là dit que ce sont les séquences régulatrices en amont de la partie codante qui sont variables.
Dans les deux cas la variabilité entre allèles repose sur des différences de séquences énormes (jusqu’à plusieurs dizaines de milliers de nucléotides). C’est donc inexploitable simplement avec Anagène ou Geniegen 2.
Pour obtenir des séquences exploitables en classe avec les élèves, il est possible d’utiliser les séquences de morceaux d’introns bien conservés que les chercheurs ont choisies et utilisées pour construire l’arbre phylogénétique de la figure 6 du premier article : https://www.nature.com/articles/s41467-018-06116-1/figures/6
Les séquences sont disponibles en supplément de la publication : https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-018-06116-1/MediaObjects/41467_2018_6116_MOESM8_ESM.txt
Ces séquences sont proposées ici dans le fichier :
Pannier.edi (clic-droit, Enregistrer la cible du lien sous...)
Le pack de séquences contient en plus celle de la coccinelle à 7 points, ce qui permet de comparer entre espèces et au sein d’une espèce. Il est également possible de les ouvrir directement dans Geniegen 2 avec ce lien : https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/geniegen2/?load=EXT-PANNIER.
Alignement
Tableau de comparaison
Phénogramme
Résultats obtenus en traitant les séquences avec Geniegen 2
Contacter l’auteur : Vincent Guili
