Anagène
Anagène est un logiciel destiné à l’exploitation pédagogique de données moléculaires : séquences de gènes et de protéines.
ANAGENE est téléchargeable sur le site de l’
IFé-ACCÈS
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Créer des thèmes personnels
Ce logiciel est assez ouvert et permet d'organiser l'étude des séquences dans un ordre personnel.
Sélectionner les séquences désirées dans la banque de séquence en cliquant sur
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Il est possible d’insérer plusieurs séquences en une seule opération, il suffit de cliquer sur les noms pour les sélectionner. La désélection s’effectue en cliquant de nouveau.
Si l’on désire supprimer une séquence dans la fenêtre "Affichage des séquences", il faut la sélectionner en cliquant sur le bouton du début de ligne et en appuyant sur la touche "Suppr" du clavier ou en choisissant "Effacer" dans le menu "Edition".
Lorsque le choix des séquences est complet, on peut enregistrer cette composition personnelle comme un thème.
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Cliquer dans "Fichier" puis "Enregistrer..." et choisir "Thèmes d’étude". Cliquer sur "Ajouter utilisateur" qui sera par exemple la classe dans laquelle le thème sera étudié, donner un nom et cliquer OK. Cliquer alors sur "Ajouter thème" et donner un nom. De cette façon, on peut, pour une classe donnée, créer des thèmes qui constituent une progression. |
Exemples de thèmes personnels
Les thèmes personnels sont enregistrés avec l’extension .thm et les séquences avec l’extension .edi dans le dossier Sauve.
L’arborescence des thèmes personnels est enregistrée dans le fichier Thempers.dat du dossier anagène.
Pour transférer d’un poste à un autre, il faut donc copier le fichier Thempers.dat et accepter le remplacement sur la nouvelle machine dans le dossier Anagène. Copier également le contenu du dossier Sauve dans le même dossier sur le nouvel ordinateur.
Attention, si le dossier Sauve contient déjà des documents, il faut ajouter les nouveaux et non pas remplacer tout le dossier.
Pour faire des essais vous pouvez télécharger un exemple en cliquant ci-dessous :
– Thempers.dat
– Contenu du dossier sauve : themes.exe.
Exemple d’utilisation des thèmes précédents en terminale :
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apparition de nouveaux allèles, exemple des groupes ABO
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différents types de mutations.
Exemple d’utilisation des thèmes précédents en première :
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Transférer des thèmes personnels sur d’autres machines
Pour transférer votre travail sur d’autres ordinateurs ou sur le serveur du réseau, il faudra copier tout le contenu du sous répertoire Sauve dans celui de l’autre machine.
Il faudra également remplacer deux fichiers qui se trouvent dans le répertoire Anagene, Thempers.dat qui contient l’arborescence des thèmes personnels et Treepers.dat qui contient l’arborescence de la banque de séquences personnelles.
Même s’il est possible d’ouvrir ces deux fichiers dans le bloc-notes de Windows, il est tout à fait déconseillé de les modifier directement, c’est le meilleur moyen de "planter" ANAGENE.
Bug lors d’une installation réseau qui doit être résolu dans la prochaine version. Pour pouvoir faire des comparaisons avec alignements, il faut que l’utilisateur ait le droit de créer des fichiers dans le sous répertoire Sauve car ANAGENE écrit un fichier temporaire, ceci n’est pas indiqué dans le manuel.
De plus, si plusieurs utilisateurs font le même travail en même temps, il y aura des confusions car le nom du fichier temporaire sera le même pour les différents utilisateurs.
Intégrer des séquences protéiques
à partir de fichiers
.pdb de la Protein Data Bank.
Ouvrez d’abord le fichier ent ou pdb dans un traitement de texte comme Word. Outre les caractéristiques de la molécule et de nombreuses remarques, on trouve la séquence des acides aminés sous la forme par exemple :
SEQRES 1 A 386 ALA GLY SER ILE GLY ALA ALA SER MET GLU PHE CYS PHE 1OVA 100
SEQRES 2 A 386 ASP VAL PHE LYS GLU LEU LYS VAL HIS HIS ALA ASN GLU 1OVA 101
SEQRES 3 A 386 ASN ILE PHE TYR CYS PRO ILE ALA ILE MET SER ALA LEU 1OVA 102 etc.
Pour que le fichier soit reconnu par ANAGENE comme une protéine qui puisse être comparée à d’autres, il faut qu’il ne contienne que le code des acides aminés à une lettre et sans espace. Il faut donc convertir le code 3 lettres en code une lettre. Pour cela, il est plus simple d’employer une macro comme celle qui est téléchargeable sous la forme d’un modèle AA3.dot pour Word 97.
Cette macro est incorporée à un modèle de Word 97, vous devez copier ce fichier dans le sous répertoire Modèles de Microsoft Office se trouvant dans Program Files.
Pour l’utiliser, dans Word choisissez Fichier puis Nouveau et sélectionnez AA3.dot, c’est dans cette nouvelle page que vous copierez les acides aminés correspondants à la séquence de la protéine du fichier .ent ou .pdb.
Pour exécuter la macro, ouvrez Outils puis Macro... et Macros, choisissez AA3 et Exécuter.
La macro va, non seulement transformer le code 3 lettres des acides aminés en code 1 lettre, mais supprimer également les espaces, le mot SEQRES et tous les chiffres.
Un problème peut cependant subsister. Si la molécule est exprimée sous la forme présentée ci-dessus, la macro laissera, à la fin de chaque ligne, des lettres correspondant au nom de la molécule, par exemple, dans le cas présenté ici, les lettres OVA. Il faudra donc les enlever manuellement si elles existent. Il est donc prudent de repérer ces lettres avant d’exécuter la macro pour ne pas commettre d’erreur ensuite.
Astuce : en tenant la touche ALT enfoncée, la sélection à copier peut se faire en éliminant les parties latérales des lignes.
Les passages à la ligne ne perturbent pas Anagène mais ils peuvent être aussi enlevés à la main afin de rendre le fichier plus compact.
Enregistrez alors votre fichier au format texte (txt), de préférence dans le sous répertoire Sauve du répertoire Anagene. Allez ensuite dans l’explorateur, modifiez l’extension en remplaçant .txt par .pro et acceptez cette modification malgré la fenêtre d’alerte.
Pour incorporer ce fichier dans ANAGENE, choisissez Fichier Ouvrir, sélectionnez le fichier .pro et répondez oui à la question "Voulez-vous l’ouvrir comme fichier de séquence ?".
Cliquez sur OK et vous avez une nouvelle séquence.
Vous pouvez alors enregistrer cette protéine dans la banque de séquences personnelles. La séquence étant à l’écran, dans Fichier choisissez Enregistrer puis cliquez sur le bouton Banque de séquences et OK. Il faut commencer par ajouter un utilisateur qui contiendra les différentes séquences enregistrées individuellement.
Si vous voulez enregistrer plusieurs séquences dans la même fenêtre, après avoir ouvert comme précédemment chacune des séquences, dans Fichier choisissez Enregistrer puis cliquez sur le bouton Thèmes d’étude, donnez un nom d’utilisateur et un nom de thème.
Une autre solution est d’enregistrer un fichier texte avec l’extension .edi. La syntaxe de ces fichiers est très précise et toute faute empêchera l’ouverture du fichier par Anagène. Un fichier modèle est disponible, si vous désirez le voir faites un clic gauche sur
modele.edi, si vous désirez l’enregistrer faites un clic droit. Si le fichier téléchargé est enregistré avec une double extension .edi.txt, supprimez l’extension .txt. Les instructions sont contenues dans le fichier, il suffit de remplacer les exemples par vos propres séquences, de copier ces mêmes exemples pour ajouter des séquences, de supprimer ceux qui sont inutiles.
Dans certains cas, l'utilisation d'Anagène peut être couplée à celle de logiciels de visualisation de molécules en 3D (Rastop, Libmol ...) afin de pouvoir comparer les séquences et les conséquences des différences observées sur la structure 3D. Quelques exemples :
- Structure et fonction des immunoglobulines
- Etude des récepteurs T
- Structure et propriétés des protéines, la drépanocytose
